SULTAN MUHAMMAD ALI SYAH memerintah sejak tahun 1808 sampai dengan 1813. Beliau di nobatkan menjadi Sultan Asahan disebabkan karena abangnya SULTAN MUSA SYAH meninggal sebelum anaknya lahir. Beberapa bulan setelah raja Ali dinobatkan, lahirlah anak Sultan Musa syah dan diberi nama Raja Muhammad Ishaq.

Setelah Sultan Muhammad Ali Syah mangkat, terjadi perselisihan antara anaknya Raja Husein dengan Raja Muhammad Ishak anak dari Sultan Musa Syah. Raja Muhammad Ishak diangkat menjadi Yang Dipertuan Besar Muda Asahan yang berkuasa mulai dari Sungai Asahan sampai ke Bandar Pulau ketika Raja Husein berkuasa di Air Silau. Akhirnya sebagai penyelesaian Raja Muhammad Ishak dinobatkan menjadi YANG DIPERTUAN RAJA MUHAMMAD ISHAK NEGERI KUALUH